Você pode usar o EasyBCD como mostrado em: É possível inicializar o Ubuntu usando o gerenciador de inicialização do Windows? Mas a instalação do GRUB em uma partição ao invés do MBR é strongmente desencorajada, já que o GRUB lhe dirá.
Se você estiver usando 2 ou mais discos rígidos e puder configurar a ordem dos dispositivos de inicialização no BIOS e / ou escolher o dispositivo de inicialização na inicialização via F8 ou F12, recomendo instalar todos os sistemas operacionais em um disco rígido separado carregador de inicialização correspondente apenas ao MBR correspondente.
Como posso imaginar pela sua resposta, não é apenas culpa do GRUB. Por favor, use as ferramentas do Linux como parted ou GParted para gerenciamento de partição. O mesmo se aplica a outras tarefas também. Não estou dizendo que é um software ruim, mas a maioria das soluções centradas no Windows em um ambiente misto de Windows-Linux não tem conhecimento de outro sistema operacional, o que, por sua vez, causa mais problemas. Por outro lado, quando você instala via Live CD, você tem a maioria das ferramentas disponíveis, que você precisa corrigir os problemas se algo der errado.
Substituindo uma instalação do Ubuntu GRUB por uma instalação Debian GRUB, depois de redimensionar uma partição do Windows com uma ferramenta de terceiros, tentando várias outras soluções, consertando o MBR com as ferramentas do Windows Rescue, fazendo outras coisas que quebram o Windows e colocando a culpa O "GRUB" pode ser descrito apenas como FUD e é o caminho errado a seguir.