Para a configuração de cartão duplo, você precisa especificar outro dispositivo no seu arquivo /etc/X11/xorg.conf .
Abra o arquivo com seu editor de texto favorito, digamos, usando gedit :
gksudo gedit /etc/X11/xorg.conf
Você deve ter algo assim no momento:
Section "Device"
Identifier "Screen0"
Driver "nvidia"
BusID "PCI:0:03:0"
EndSection
Onde BusID "PCI:0:03:0" é uma das suas cartas, o que você precisa fazer é duplicar essa entrada da segunda carta para que fique assim:
Section "Device"
Identifier "Screen0"
Driver "nvidia"
BusID "PCI:0:3:0"
EndSection
Section "Device"
Identifier "Screen1"
Driver "nvidia"
BusID "PCI:0:4:0"
EndSection
Isso deve forçar o driver a ser carregado em sua primeira placa em BusID "PCI:0:03:0" e sua segunda placa em BusID "PCI:0:04:0" .