Uma das armadilhas das tarefas agendadas é que as tarefas podem ser executadas como usuários diferentes - essencialmente em sua própria sessão. Eles geralmente não são processos interativos de desktop. Você pode fazer isso acontecer, fazendo com que a tarefa seja executada apenas se o usuário estiver logado. Outra coisa é que talvez você possa criar uma tarefa em lote que inicie os outros arquivos em lote, existem diferentes comandos que permitem especificar como um arquivo em lotes ou execuções executáveis. "start" é um que fornece um monte de opções, "call" é outro - para arquivos em lote, especificamente.
Outra opção é tentar Yintersync (yinter.net), grátis, para Windows, funciona com rsync, é muito estável, suporta cópias de sombra. Foi a única solução funcional que pude encontrar que era estável e rápida o suficiente.