Isso pode ser feito baixando os pacotes em outra máquina, copiando-os para o servidor de destino e instalando-os. No entanto, pode ser uma tarefa tediosa, já que você precisa baixar todas as dependências de pacotes.
Esta é a única opção se o seu servidor não tiver permissão para iniciar qualquer conexão com a Internet. Caso contrário, você pode configurar um servidor proxy em uma porta não padrão e configurar seu servidor para usá-lo. Em debina / ubuntu, existe o apt-cacher que pode ser usado como proxy para o apt-get.