Você pode criar várias partições em sua primeira matriz. Por exemplo. um para uma partição do sistema, um para uma partição swap etc. e uma partição para o LVM no primeiro array. No segundo, você pode criar uma grande partição LVM ou tomar a unidade inteira como um volume físico. Ambas as partições LVM (volumes físicos) podem então ser combinadas em um grupo de volumes LVM.
A partição do sistema não é afetada pelo LVM. Eu não sei muito sobre configuração de RAID de software e como inicializá-lo. Mas o LVM não é um problema nesse contexto porque seu sistema está em uma partição normal.