Atualmente, o windows beta é uma operação sequencial. No final da operação sequencial, os metadados usados pelo aplicativo para saber o estado da sua máquina são atualizados.
Quando você inicia uma sincronização no Windows, um novo processo é gerado para evitar o bloqueio da interface do usuário durante a etapa de sincronização. Isso obviamente expõe uma possível falha na qual o usuário (neste caso você) mata o aplicativo deixando o processo de sincronização em uma etapa desconhecida e não em metadados atualizados. Para evitar esse caso, a porta do Windows elimina todo o processo que é executado pelo aplicativo, exceto aqueles que estão executando uma sincronização com o servidor.
O que você está enfrentando é o processo de sincronização funcionando até que seja concluído. Esse é um recurso adicionado ao beta porque nós (na verdade, fui eu) consideramos que era pior ter uma sincronização corrompida na qual seus dados poderiam ser removidos do que usar CPU extra até que a sincronização fosse concluída .
Isso será removido assim que tivermos uma sincronização contínua no aplicativo em que os metadados serão mantidos sincronizados de uma maneira muito mais inteligente.