Eu não acho que o MySQL deva matar seu sistema operacional, mesmo que esteja se comportando mal. O que você está descrevendo não é normal para um servidor saudável. No pior dos casos, a instância do MySQL deve morrer, não o servidor inteiro.
Você deve investigar possíveis problemas de hardware, como resfriamento insuficiente ou chips de RAM ruins. Então você deveria descartá-los primeiro.
Se você concordar que isso pode realmente ser um problema de hardware, veja o que você poderia fazer:
- melhore o resfriamento. Talvez abra o caso do servidor e deixe-o funcionando dessa maneira para provar a teoria.
- grave um CD ao vivo do memcheck e faça uma verificação rápida da RAM. Isso requer uma reinicialização, mas eu acho que seu servidor está lhe dando oportunidades diárias, certo? ; -)
Boa sorte! - Yves