Como você tem seu /home em uma partição separada, você pode instalar o 11.04 sem perder os dados em /home sem problemas. Apenas certifique-se de usar o particionamento manual durante a instalação, declare suas partições existentes como / e /home e certifique-se de que / seja formatado, mas /home não.
Você ainda deve fazer um backup, porém, qualquer outra coisa seria negligente.
Além disso, se você quiser manter seus documentos, mas não necessariamente suas configurações de usuário (como você mencionou ter muita 'lixeira' lá), você pode criar um novo usuário depois de instalar o novo sistema e mover seus arquivos para lá. .