O arquivo que você deve dar uma olhada é ~/.xsession-errors
em seu diretório home (note que isto coleta a saída de todos os programas gráficos que você inicia, então nem tudo que você pode ver tem que estar relacionado ao seu problema).
Se houver problemas com o greeter / LightDM, você pode passar pelos logs em /var/log/lightdm
(suponho que você esteja usando o Ubuntu 11.10).