Acabei de encontrar a resposta! A minha regra de redirecionamento deve ser:
$HTTP["host"] =~ "^superdomain\.net$|^superdomain\.eu$" {
url.redirect = ( "^/(.*)" => "http://mything.com/" )
}
Adicionado ^
no início de cada domínio e $
no final para especificar o início e o fim da string a ser correspondida. Desta forma, os subdomínios não são correspondidos.