você pode usar o avidemux .
Para instalar
sudo apt-get install avidemux
O procedimento:
1. Lançamento avidemux.
2.Abra o arquivo .avi.
3. Selecione um codificador de vídeo no menu suspenso no painel esquerdo, onde está escrito Vídeo.
4.Configure o codificador clicando no botão "Configurar".
5.Adicione um filtro de legendas. Primeiro clique no botão "Filtros" no painel esquerdo (em Vídeo).
7. Para finalizar o processo, clique em Salvar e digite um nome para o arquivo de saída.
Mais Você pode usar o VLC
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Crie uma nova pasta e mantenha o arquivo de filme dentro dessa pasta.
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coloque o arquivo de legenda na pasta que você criou.
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Renomeie a legenda com o nome do filme e use a extensão .srt no último
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