Os logs de erro do Apache explicam o motivo desse problema:
[reescrever: erro] [pid ...] [cliente ...] AH00670: As opções FollowSymLinks e SymLinksIfOwnerMatch estão desativadas, portanto, a diretiva RewriteRule também é proibida devido à sua capacidade semelhante de contornar restrições de diretório
Usando mod_rewrite
com RewriteRule
(como é comum), enquanto desativando FollowSymLinks
(como mostrado na pergunta) só é possível se SymLinksIfOwnerMatch
estiver ativado em troca.
Assim
-FollowSymLinks
deve se tornar
-FollowSymLinks +SymLinksIfOwnerMatch
ou mod_rewrite
com RewriteRule
não podem mais ser usados.
Obrigado pela dica, @ fkraiem!