Você não deve usar meteor run
para hospedar seu aplicativo em qualquer ambiente em que esteja usando o Upstart para gerenciar o processo.
meteor run
é um servidor somente de desenvolvimento e é muito ineficiente.
Dê uma olhada no link - você pode usá-lo para converter seu aplicativo Meteor.js em um 'vanilla' Node.js app com um package.json
, que você pode executar na sua VM Ubuntu e gerenciar com o Upstart.