Você pode ssh para o servidor Linux e encaminhar a porta RDP da máquina Windows para o computador que está usando.
Se você estiver usando um computador que executa o Linux como o cliente remoto, basta usar o ssh no formulário:
ssh gateway.domain.com -L 8888:rdpserver:3389
E, em seguida, use qualquer cliente RDP no Linux para se conectar ao localhost: 8888 seu tráfego será encaminhado para a caixa do Windows.
Se você estiver usando um computador Windows como cliente remoto, use o Tunnelier da Bitwise, este é um excelente programa para este propósito, é essencialmente um SSH & Cliente SFTP para janelas com essa funcionalidade integrada