Você disse que está aparecendo como um dispositivo COM no linux, mas da minha experiência com dispositivos arduino e linux, ele deve aparecer como um dispositivo ACM. A configuração postada na página web do ardunio também deve mostrar isso.
Aqui está a configuração para o Windows: link
Aqui está a configuração do linux: link
A primeira coisa que gostaria de fazer é garantir que você seguiu as etapas de introdução corretamente. Mais especificamente, dê uma boa olhada no passo 7 que você selecionou seu tipo de placa. Observe bem abaixo disso, ele também lista sua porta da placa, que é onde eu acho que seu problema está. Tente ver se você pode alterar esse detalhe.
Edit: perdeu a parte em que você disse que está em cinza
Aqui está outro post que tem muitas "soluções" em que algo deve funcionar para você. Pelo que parece, o método de teste mais rápido seria lançar o ide com permissões de root