Talvez não seja uma resposta satisfatória, mas "resolvi" o problema no final copiando o seguinte arquivo de outra máquina virtual à qual eu tinha acesso, que por acaso tinha uma instalação funcional (ambos são PHP 5.2. * e 64- bit Ubuntu):
/usr/local/zend/lib/php_extensions/pcntl.so
Então, configurei o PHP para usá-lo com esta linha:
extension=pcntl.so
(o acima pode provavelmente ir em php.ini, mas eu coloquei em /usr/local/zend/etc/ext.d/pcntl.ini e vinculado em /usr/local/zend/etc/conf.d ).
No entanto, ainda não consigo explicar por que este arquivo está faltando em uma nova instalação do Zend. Além disso, eu não gostaria apenas de copiar um arquivo .so de outra máquina sem ter 100% de compatibilidade, mas parece estar rodando sem problemas.