Eu posso sentir qual é a preocupação. Se tudo fosse UTC, isso não seria um problema.
Aqui está uma questão para pensar:
Você tem os mesmos problemas em dias que envolvem o horário de verão?
A CET observa o horário de verão.
Os problemas de replicação que você descreveu também devem acontecer quando o relógio avança. Em teoria, isso deve durar cerca de uma hora.
Você pode fazer uma das duas coisas para garantir os mesmos dados:
OPÇÃO 1: mysqldump todos os dados do primário para o backup
MYSQL_HOST_ROOT=localhost
MYSQL_USER_ROOT=roothome
MYSQL_PASS_ROOT=rootpassword
MYSQL_CONN_ROOT="-h${MYSQL_HOST_ROOT} -u${MYSQL_USER_ROOT} -p${MYSQL_PASS_ROOT}"
MYSQL_HOST_BCKP=localhost
MYSQL_USER_BCKP=rootremote
MYSQL_PASS_BCKP=rootremotepassword
MYSQL_CONN_BCKP="-h${MYSQL_HOST_BCKP} -u${MYSQL_USER_BCKP} -p${MYSQL_PASS_BCKP}"
echo "SET SQL_LOG_BIN=0;" > /root/MySQLData.sql
echo "STOP SLAVE;" >> /root/MySQLData.sql
MYSQLDUMP_OPTIONS="--master-data=1 --all-databases --routines --triggers"
mysqldump ${MYSQL_CONN_ROOT} ${MYSQLDUMP_OPTIONS} >> /root/MySQLData.sql
echo "START SLAVE;" >> /root/MySQLData.sql
mysql ${MYSQL_CONN_BCKP} -A < /root/MySQLData.sql
OPÇÃO 2: Use pt-table-checksum e pt-table-sync
Eu escrevi um script de amostra que usa mk-table-checksum e mk-table-sync mas pode ser aplicado a pt-table-checksum e pt-table-sync também.