Primeiro, se você montar um FS somente leitura, ele não será modificado.
Em segundo lugar, para o seu problema de backup você pode querer olhar para LVM e seu recurso de instantâneo que permite desligar serviços (se necessário), fazer o instantâneo, reiniciar o serviço e fazer um backup em nível de arquivo do snaphshot e excluir o instantâneo após o término do backup. Sua abordagem na Opção A é altamente incomum .