Duas maneiras de verificar isso:
[1] em /etc/mysql/my.cnf se o banco de dados estiver configurado para escutar apenas no host local (127.0.0.1). Procure a linha
bind-address = 127.0.0.1
e comentar esta linha, siga por um reinício da base de dados. Eu acho que este é o seu problema, já que este é o padrão no Ubuntu.
[2] Execute "netstat -an | grep 3306" - ele deve ser exibido quando aberto para conexões externas:
tcp 0 0 0.0.0.0:3306 0.0.0.0:* LISTEN