Os pools de recursos não são simplesmente um mecanismo de exibição de cosméticos - eles terão um efeito se a sua VM colocar o sistema em contenção ou se você tiver reservas definidas, especialmente reservas de memória, sem ficar totalmente claro quais são os efeitos.
Dito isso, você pode criar pastas aninhadas como estruturas com pools de recursos dentro de pools de recursos em um host ESX \ ESXi autônomo que deve fazer o que quiser se eu estiver entendendo a pergunta corretamente. Você pode até se beneficiar de modificar os compartilhamentos padrão e limitar os valores nos pools para controlar a atribuição de recursos aos grupos de VMs, mas como eu disse acima, tenha cuidado para entender o impacto antes de fazer isso.
Isso não é um problema nos sistemas gerenciados do vCenter, pois você tem a opção de usar pastas nos Hosts & Clusters e VMs & Visualizações de inventário de modelos.