A chave privada da AWS está associada ao seu certificado X.509; não é o mesmo que uma chave privada SSH. Veja este resumo das credenciais de segurança da AWS .
O certificado X.509 está associado à sua conta da AWS, e não a instâncias individuais do EC2; Se você iniciar uma nova instância usando sua AMI personalizada, ela será associada ao certificado X.509 e à chave privada definidos na sua conta.
Se você também tiver um arquivo authorized_keys contendo sua chave pública SSH pessoal incluída na AMI, poderá fazer login com sua própria chave SSH - isso é independente do certificado X.509, que é usado para autenticar a AWS Chamadas de API.