Não deve haver nenhum problema em fazer isso, se você iniciar o nginx com /etc/rc.d/nginx start
. O script rc realmente usa o pid localizado em /var/run/nginx.pid
para sair do daemon nginx.
Se esse arquivo não existir, tocar sozinho não ajudará muito mais. Em vez disso você tem que escrever o PID para esse arquivo também. Mas isso não deve ser necessário em primeiro lugar.