O Shutdown.sh lança um programa java separado que envia uma solicitação JMX para o processo do servidor jboss. Ele não faz referência a nenhum arquivo de configuração para descobrir a nova porta, apenas assume os padrões. (como poderia? você não está passando o seu diretório de configuração)
Então, para se conectar ao seu servidor jboss em execução na porta não padrão, você precisa executá-lo da seguinte forma:
shutdown.sh --server=YOURHOST:1299
Além disso, se você estiver realmente usando o sample-binding.xml, ou seja, se você não comentou o jboss.system:service=ServiceBindingManager
mbean no jboss-service.xml & configurado ServerName
& StoreURL
apropriadamente, então você não precisa fazer nenhuma outra alteração de configuração para as novas portas. Esse é o objetivo do gerente de ligação, centralizar todo esse trabalho.