Não há motivos de segurança para não ter o MSMQ na infra-estrutura de TI de uma grande empresa.
Você quer tornar o MSMQ seguro? Em caso afirmativo, use certificados para criptografar mensagens na rede e autenticar contas de usuários. Não use a segurança do Windows, pois os SIDs podem ser facilmente falsificados em uma mensagem. Útil para resistir a ataques do DOS. Você também pode usar SSL para enviar mensagens por HTTPS.
Se, em vez disso, você estiver olhando para a confiabilidade e a estabilidade, esta postagem do blog deve ajudar: Recursos insuficientes? Fuja, fuja!