O Java 5 já é EOL, isto é, não há mais atualizações, a menos que você tenha um contrato de suporte. Se você estiver usando a versão livremente transferível do jdk e não uma versão "java for business", se a afirmação anterior for verdadeira, então a melhor abordagem provável é atualizar para o java6 após atualizar o jboss para uma versão mais nova. Veja esta documentação do redhat: link
O jboss-eap 4.2 é muito mais novo que o branch 4.0.x e o jdk6 não é uma configuração suportada.
O que estou tentando dizer é que você pode encontrar problemas, e também que a versão do jboss que você está executando é extremamente antiga.
Você deve avaliar o salto para jboss como 4.2.3 (você pode ler as notas de lançamento aqui link ).
Resumindo, sua situação é de captura22.
Só precisa de morder a bala e fazer alguns testes e, em seguida, tentar as atualizações necessárias.