Você está correto ... para resolver o NetBIOS, é necessário ativar o recurso WINS. No entanto, como o WINS está saindo, e você tem o Windows Server 2008, eu verificaria o novo recurso DNS GlobalNames Zones, que permite que você resolva nomes de lable único enquanto ainda usa o DNS.
Visão geral aqui: link (é a última seção do artigo)
Discussão aprofundada aqui:
- Implantação da Zona GlobalNames do Servidor DNS
- Implantando uma zona GlobalNames