Bem, lição aprendida, sempre leia a página do manual!
Há uma opção de configuração ncmpcpp playlist_disable_highlight_delay = 0
, que resolve o problema do realce desaparecer. Quando você definir 0, ele permanecerá destacado para sempre.
Embora o ideal seria se eu pudesse destacar outras partes da minha playlist e ainda ter algum indicador sobre o que está sendo reproduzido atualmente. Mas c'est la vie, esta é uma solução.