Talvez você inclua o módulo duas vezes. Algo semelhante a:
$ /etc/php/7.1/cli/conf.d # ls -lh | grep parse
lrwxrwxrwx 1 root root 41 Feb 7 12:37 20-mailparse.ini -> /etc/php/7.1/mods-available/mailparse.ini
lrwxrwxrwx 1 root root 41 Feb 7 13:03 21-mailparse.ini -> /etc/php/7.1/mods-available/mailparse.ini