O Ubuntu não se importa com o que é o monitor primário (o xconf "usa isso como meu monitor primário" não significa nada aparentemente), ele usa a disposição esquerda / direita das telas para decidir qual é a principal. Seja qual for a tela 'esquerda' nas configurações da tela é a tela principal.
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Espero que alguém saiba como fazer com que os aplicativos de tela cheia sejam executados no monitor da mão direita.