Obrigado nvk, isso finalmente funcionou para mim também, mas há uma captura:
No dconf-editor há um texto de ajuda que lê algo como 'se nenhuma configuração para o link for dada, o servidor proxy configurado para o link será usado para < strong> link também '. Isso não é verdade, pelo menos para o Ubuntu 12.04 . Eu tive que adicionar o servidor para todos os protocolos, mesmo sendo o mesmo para link , ftp e link . Depois que fiz isso, e depois de um logoff e de novo, os proxies (incluindo exceções) entraram em vigor para todos os aplicativos.
Ainda assim, acho que a GUI de configurações de rede 'normal' poderia ser melhorada pela adição de uma caixa de entrada extra para as exceções de proxy na parte de configurações de proxies. Espero ver isso em uma futura atualização do Ubuntu.