Parece que a configuração da fonte em 12.04 define Droid Sans Mono como a fonte monoespaçada padrão (veja /etc/fonts/conf.d/60-droid-sans-mono-fonts.conf), e como o OP descreve, Os glifos na versão em negrito dessa fonte têm uma largura diferente dos da versão normal.
Para alterar a fonte monoespaçada padrão do sistema, crie /etc/fonts/local.conf contendo algo parecido com isto:
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE fontconfig SYSTEM "fonts.dtd">
<fontconfig>
<alias>
<family>monospace</family>
<prefer>
<family>DejaVu Sans Mono</family>
</prefer>
</alias>
</fontconfig>
Dessa forma, você não precisará se lembrar de alterar a fonte do editor do Eclipse para cada espaço de trabalho usado.