Eu acho que você poderia compilar o php 4.xe 5.x separadamente e vinculá-los a diferentes extensões php (por exemplo: .php manipulado pelo PHP 5.xe .php4 pelo PHP 4.x).
Considere que, em um grande projeto PHP, você não precisa renomear todos os arquivos para .php4, mas apenas o main includer (por exemplo: index.php
).