Com o Linux, quase tudo é possível, e não tão difícil assim. Na verdade, se você não fizer nada além de instalar uma nova versão, provavelmente descobrirá que as instalações antigas serão inicializáveis novamente.
Mas para fazer o que você quer, eu usaria o gparted de um USB ao vivo e excluiria o sda2, já que você não precisa dele. Então, se sda2 é adjacente a sda1, eu aumentaria sda1 para usar o novo espaço livre, e então obteria o Super Grub Disk para corrija o problema de inicialização. Feito isso, você pode atualizá-lo para 12.04.
Se você realmente quer uma instalação limpa, você pode (usando o gparted) reformatar o sda4, usar o USB ao vivo para copiar seu / var / www do sda1 para o sda4, reformatar o sda1 e instalar o 12.04 lá. A instalação manterá sua partição do Windows, supondo que você preste atenção e não use a unidade inteira.