Pelo que tentei, parece que não consigo reproduzir seu problema de ingressar em linhas curtas. O texto é colado ou inserido sempre com as novas linhas.
Colar a área de trabalho com o Ctrl-V funciona, colando a seleção com o botão do meio do mouse também funciona.
Mas o seu problema real para resolver pode * ser colar uma seção do texto como uma citação , mantendo a formatação da linha.
Para lidar com esse caso, existe uma variante secial de pastin no thunderbird para fazer exatamente isso: No menu "Editar", ou no menu de contexto, há " Colar como cotação ". Isso cola linhas prefixadas com >
e deixa as quebras de linha sozinhas.
O texto colado é o conteúdo da área de transferência. No X, existem vários buffers para recortar e colar. Normalmente apenas dois, "clipboard" e "primary" são usados.
Seu comando
xclip test.txt
Coloca o conteúdo de test.txt
no "principal".
Se você quiser colá-lo diretamente como cotação, modifique o comando para colocar o texto na área de transferência:
xclip -selection clipboard test.txt
*) É uma interpretação da questão e pode não ser o caso - vejo que a questão é tecnicamente perguntar por que as novas linhas são perdidas, e não como mudar isso.