Se você deseja converter apenas uma coluna específica, awk
ajuda
$ cat ip.txt
foo 64651235465131648624672951975 123
bar 3452356235235235 xyz
baz 234325236452352352345234532 ijkls
$ # change only second column
$ awk '{$2 = sprintf("%.3e", $2)} 1' ip.txt
foo 6.465e+28 123
bar 3.452e+15 xyz
baz 2.343e+26 ijkls