As associações de arquivos padrão são definidas em /usr/share/applications/defaults.list (global) ou em ~/.local/share/applications/mimeapps.list ou ~/.local/share/applications/defaults.list .
Por exemplo, é isso que tenho no meu sistema:
$ grep -e '\[\|plain' .local/share/applications/mimeapps.list
[Default Applications]
text/plain=pluma.desktop;
[Added Associations]
text/plain=emacs.desktop;pluma.desktop;
Alterando a linha [Added Associations] para
text/plain=sublime_text.desktop;emacs.desktop;pluma.desktop;
tornou sublime meu editor padrão. Certifique-se de que sublime_text lique corretamente sublime se você executá-lo a partir de um terminal e se você tiver um arquivo .desktop em /usr/share/applications/ :
$ cat /usr/share/applications/sublime_text.desktop
[Desktop Entry]
Name=Sublime
GenericName=Text Editor
Exec=sublime_text %U
Terminal=false
Type=Application
StartupNotify=true
MimeType=text/plain;
Icon=/usr/share/icons/mate/48x48/apps/sublime_text.png
Categories=GTK;Utility;TextEditor;