Você pode fazer algo como:
mv my-executable my-executable.bin
E crie my-executable
como um script de wrapper:
#! /bin/bash -
{ time "$0.bin" "$@" 2>&3 3>&-; } 3>&2 2>> /tmp/times.log
O script pode adicionar mais informações ao log como a hora em que foi iniciado, por quem, os argumentos foram passados ...
a contabilidade do processo do BSD, pelo menos no Linux , informa o tempo da CPU (user + sys), embora não em um forma acumulativa como time
(o tempo de CPU dos processos filhos não é contabilizado pelo pai)