Isso deve funcionar se o sysrq estiver ativado no kernel (testado ao vivo na minha máquina):
# echo "h" > /proc/sysrq-trigger
Requer acesso root.
As chaves SysRq não são chaves regulares manipuladas pelo X, assim o xdotool não pode acionar as chaves mágicas porque ele interage com o próprio Xorg, não com o kernel. Felizmente, o kernel fornece um arquivo especial para ativá-los a partir de scripts e shells remotos.
Testado no meu com um comando de sincronização de emergência (S):
# echo "s" > /proc/sysrq-trigger
# dmesg | tail -n 2
[263565.001982] SysRq : Emergency Sync
[263565.115168] Emergency Sync complete