Você está usando o gerenciador de rede? Se sim, tente usar o wicd. (Eu literalmente acabei de ter esse problema dois dias atrás, e é assim que eu resolvi isso.)
sudo apt-get install --reinstall wicd
sudo service network-manager stop
sudo apt-get remove --purge network-manager network-manager-gnome
sudo service wicd restart
Acho que o gerenciador de rede luta com o WPA por algum motivo.