A atualização para o Gnome 3 para Natty envolve a atualização de grande parte das bibliotecas GTK - e como os fóruns (e o AskUbuntu) mostraram, alguns aplicativos não funcionam mais ou tiveram que ser trabalhados manualmente.
Os aplicativos básicos do Gnome atualizados pelo PPA funcionam bem - agora - certamente não funcionaram nos primeiros dias do PPA. Assim, o IDE, banshee, firefox etc funciona bem.
O PPA é um PPA de teste. Se você está preocupado com a perda de dados - faça backup com uma imagem de disco completa.
O Oneiric está a menos de duas semanas de distância - minha strong recomendação é esperar até lá. Quando a atualização estiver disponível, crie uma imagem de disco do seu sistema, ppa-purga de todos os PPAs e depois atualize.