Se você instalou o ndiswrapper usando o Centro de Software ou o Synaptic, faça o seguinte para remover completamente
Você tem 4 maneiras (2 delas farão isso completamente):
Vá para o Synaptic e pesquise o ndiswrapper. Clique com o botão direito e selecione Remover Completamente. então aceite.
Vá para o Centro de Software e procure por ndiswrapper e clique em REMOVER.
As duas opções a seguir a removerão completamente. O que quero dizer é que removerá o que o Synaptic e o Software Center podem remover, além de todos os arquivos de configuração e até mesmo o pacote baixado do ndiswrapper.
No tipo de terminal (usando apt-get):
sudo apt-get purge ndiswrapper-common ndiswrapper-utils-1.9 ndiswrapper-modules-1.9
No tipo de terminal (usando o aptitude meu favorito):
sudo aptitude purge ndiswrapper-common ndiswrapper-utils-1.9 ndiswrapper-modules-1.9
Isso se aplica a qualquer outro programa que você queira remover do sistema para não usar ou remover completamente os arquivos de configuração e os pacotes baixados.
NOTA: No caso do Synaptic, se você fizer a opção Remoção Completa, você estará removendo-o completamente. Há também outra opção que diz apenas Remover, que deixa a configuração e os pacotes baixados lá. Apenas no caso de você querer usá-lo mais tarde.