Para ser muito específico e alterar o destaque azul escuro no preto para scripts PHP em Joe:
No Ubuntu 16.04 e com o Joe 4.1-2, edite:
/usr/share/joe/syntax/php.jsf
E mude:
= Constant_sq blue
Para outra cor que você escolher:
= Constant_sq amarelo
Como mencionado, você precisará editar o arquivo .jsf apropriado para a sua linguagem de script escolhida e a variável afetada. Para corrigir recolorir XML, edite xml.jsf e altere:
= Tag azul
para
= Marcar amarelo.