Obviamente, use outro símbolo em vez de %
.
Use por exemplo -I @
. Então será:
( cd "${SOURCE_DIR}" && find . -type f -name "${FILE_GLOB}" ) |
xargs -n 100 | xargs -I @ sh -c '{tar -C "${SOURCE_DIR}" --files-from - @ -cf "${DESTINATION_DIR}/$(date '+%Y%m%d%H%M%S%N')-$(uname -n).tar~"}'