Com muita pesquisa e muito palpite e checagem, encontrei a solução para o meu problema:
Primeira criação de imagem do rootfs dd cria:
sudo dd if=./output/images/rootfs.ext2 of=/dev/sdd3
Em seguida, copie / boot de sdd3 para sdd1, crie um arquivo menu.lst e copie sobre o bzImage.
Por fim, execute o grub:
sudo grub --device-map=/dev/null
> device (hd0) /dev/sdd
> root (hd0,0)
> setup (hd0)
> quit
Conecte a unidade ao sistema e tudo é carregado.