Compilar é o processo de construir binários a partir do código-fonte. O script de configuração e o makefile selecionam o que é apropriado para o seu sistema. (Executável de 64 bits para um sistema de 64 bits, 32 bits para 32 bits).
E se você tiver um sistema de 64 bits, provavelmente haverá algum potencial de desempenho aprimorado no uso de binários de 64 bits. Para algumas coisas, poderia ser um grande impulso; Eu estou supondo que para o Apache não é um negócio tão grande, mas eu não sou especialista nisso. Certamente não vai doer , no entanto, para construir os binários apropriados, e eu não vejo por que você se importaria em mexer com o processo de construção para obter binários de 32-bit se você tem um Sistema de 64 bits.