Primeiro de tudo - você pode recuperar o arquivo do backup. Está bem. dado que você faz sua pergunta, você não tem backup - mas você deveria.
O segundo passo depende largamente do sistema de arquivos que você está usando. Se você está usando ext2 / 3 (/ 4?) Você tem sorte - há uma grande chance de que haja alguns alguns ferramenta que recuperará o arquivo - os dados IF estão no disco. Por favor, lembre-se de copiar os dados antes de usar qualquer ferramenta.
Unfortunatly IMHO você tem problema de hardware com o seu disco que tem setores defeituosos. Você pode tentar testar o disco para blocos ruins . Alternativamente, você pode querer procurar ferramentas como Spinrite .
PS. Eu não ouvi falar de ontem - apenas lixo e perdeu + encontrado (o segundo é acessível apenas por raiz e contém partes encontradas de arquivos - você pode ter sorte). No entanto, duvido que ontem / lixo conterá arquivos que você está procurando.