Para veicular arquivos em máquinas Windows, você precisa do Samba .
O Samba também pode lidar com identidades de usuários, mas eu acho que as senhas e os direitos de acesso do Samba são totalmente separados dos usuários regulares do Linux. Esta documentação me faz pensar, vá para "Samba como um controlador de domínio primário" .
Disclaimer: Eu realmente não tenho conhecimento sobre o assunto. Eu não instalei nem administrei nenhum servidor Samba.
Editar:
Esta parece ser a principal documentação do Sambas: link
O Samba tem um módulo PAM para fornecer informações de login para o Linux. link link