Como o aplicativo responsável por desenhar a área de trabalho é o nautilus e não o gnome-panel, você pode ter mais sorte olhando as configurações do nautilus.
Especificamente, se a chave gconf apps/nautilus/preferences/show_desktop
estiver definida como false, o nautilus não mostrará nenhum ícone da área de trabalho. Então, se a chave estiver definida como false, você deve alterá-la para true.
Se não for esse o caso, você pode tentar fazer backup e excluir suas configurações do nautilus da mesma forma que fez com as configurações do painel do gnome.