Você só precisa garantir que BASH_ENV não esteja definido. Na seção INVOCATION de bash(1) :
When bash is started non-interactively, to run a shell script, for
example, it looks for the variable BASH_ENV in the environment, expands
its value if it appears there, and uses the expanded value as the name
of a file to read and execute. Bash behaves as if the following com‐
mand were executed:
if [ -n "$BASH_ENV" ]; then . "$BASH_ENV"; fi
but the value of the PATH variable is not used to search for the file
name.
Outros arquivos de ponto ( ~/.bash_profile , ~/.bash_logout , etc.) são lidos quando o shell é iniciado interativamente.
Infelizmente, você não pode controlar o ambiente a partir do script, mesmo usando #!env (que requer apenas um argumento, neste caso o programa shell, bash ). O melhor que você poderia esperar é limpar o ambiente dentro do script ou wrapper e começar com um ambiente claro, que pode não ser o que você deseja.