Algo como isso será feito:
$ sed 's/^00/01/' file.txt
Detalhes
O texto acima examinará cada linha do arquivo file.txt e substituirá as ocorrências de 00 que estão ancoradas no início da linha (é isso que o cursor, ^ , faz). Para cada ocorrência, ele será substituído por 01 .
A função que estou usando em sed é chamada de pesquisa e substituição ( s/../../ ).